反渗透系统只需泵、膜、容器和水管设施便可运行，但要使膜污垢量最小化、膜寿命最大化并避免水利灾难则颇具挑战性。针对反渗透法性能方面的问题及相应的解决措施，做出如下分类。

1. 预处理Pretreatment运用反渗透法失败的最常见原因是给水的预处理不充分。在使用预处理方法、监测仪器及检查设备质量时敷衍了事，通常都会使下游反渗透设备出现操作性问题。反冲洗过滤与清洗流程：例如，为了控制反冲洗过滤器的流速和反冲洗后的清洗过程的流速，通常在多媒体过滤器排出管道上使用相同的流量控制孔来应付， 结果导致两个步骤中的流速大体相同。但是在横截面处反冲洗流为每平方英尺每分钟12加仑的位置，媒介颗粒（在54华氏度）扩大40％较为合适，不过，如果在清洗周期中使用相同的流速，媒介颗粒压降便会超过10 PSID，使得任何悬浮颗粒仍旧停留在滤料滤池的上层并进入填料床的底部。.只有当清洗流速减小到正常服务流速时，许多被滤池过滤的固体才会汇聚到反渗透过滤筒和反渗透膜元件中。平衡过滤流程：使用滤料滤池的另一个错误是没有平行地在每个多滤料滤池上安装单独的流量表。没有这些流量记录，就无法知道滤池间的流速是否平衡。一旦个别的滤池因固体堵塞，其它的滤池流速会更大。要谨记如果两个滤池入口和出口线相同，滤池每一侧的压力计并不会显示一个滤池比另一个阻塞的固体更多。观察污染指数：一些膜元件说明书中要求滤池提供污染指数不超过5 SDI 的水，否则就犯了致命性的错误，即直接在滤料滤池前注入了聚合助滤剂。这一错误尤其具有误导性，因为从表面上看它极大地提高了滤池中流出物的质量。而在对流出物浑浊度或污染指数分析时，穿过滤池的残留聚合物是无法显示出来的。由于聚合物的分子具有带电性能，所以会长期和反渗透膜粘连在一起。　现在任何悬浮固体都会依附在聚合物上，而非沿着膜表面迁移。由于反渗透产生的污垢比率会增加，起初的清洁作用将不复存在，所以需要替

2. 去除氯