纺织品的抗菌防臭整理也是很重要的整理内容。过去使用金属离子型和二苯醚型的抗菌防臭整理剂如有机锡化合物、霉菌净、Irgasan DP300等，由于这些整理剂中存在重金属和致癌物质，已被禁用。目前市场上的环保型抗菌防臭整理剂主要是季铵盐类产品，如抗菌防臭整理剂DC-5700是一种有机硅季铵盐类产品，既能与纤维的阴离子发生离子结合，又能自身缩聚成膜，因此整理后的制品具有良好的耐洗性;国内开发成功的有机硅类抗菌防臭整理剂HM98是由三乙氧基十八烷基硅烷季铵盐与广谱杀真菌药物经合成、精制、复配而成，与抗菌防臭剂DC-5700属同一类型，它是一只安全无毒、无剌激、抑菌率在98%以上，经洗涤50次后抑菌率仍在90%以上的环保型抗菌防臭整理剂；另外，国内也已研制成功壳聚糖类抗菌防臭保湿产品，由于这种产品的化学结构与纤维素相似，因此它对人体的安全性是极高的。这些新型抗菌防臭整理剂也有防霉的作用，除此之外也开发一些环保型防霉剂如N-(一氟二氯甲硫)一酞酰亚胺、溴代肉桂醛、苯并咪唑氨基甲酸甲酯等来取代老的有害防霉剂，它们的毒性都比较小，适于绿色纺织品的要求.
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