一、按来源可以分为1.天然染色剂：主要是苏木素，胭脂红，地衣红，番红花。2.合成染色剂：是从煤焦油中提取的苯衍生物。在生物染色中还使用一些无机化合物，如硝酸银，氯化金，磺，锇酸，高锰酸钾等。

二、按主要用途分为1.胞核染色剂：苏木素，胭脂红，甲苯胺蓝，美蓝，孔雀绿等。2.胞浆染色剂：伊红，淡绿，橘黄G,酸性品红,苦味酸等。3.脂质染色剂：苏丹Ⅲ，苏丹Ⅳ，苏丹黑，硫酸尼罗蓝及油红等。

三、按染色剂分子中的发色团可分为九类1.亚硝基类：发色团为亚硝基（-NO)如萘酚缘-B。2.硝基染料：发色团是硝基（-NO2）如苦味酸。3.偶氮类：发色团为偶氮基（-N=N-）属于这一类的染色剂的橘黄G,刚果红,俾士麦棕和许多苏丹类的脂质染色剂。4.醌亚胺类：这类染料含有两个发色团，一个是印胺基（-N=），一个是醌型苯环，如硫堇，美蓝，甲苯胺蓝O,硫酸尼罗蓝,中性红,碱性藏红花O，焦油紫等。5.苯甲烷染料：发色团是醌型苯环，如孔雀缘，浅绿，碱性品红，酸性品红，结晶紫，甲基缘等。6.山叮染料：发色团是醌型苯环，如派罗宁，伊红Y等。7.蒽醌染料：此类染色剂含有色原蒽醌，如茜素和胭脂虫酸。8.噻唑类。9.喹啉类。8，9类染色剂使用极少。

四、按染色剂的化学性质分类染色剂的干粉是稳定的盐类，它们在溶液中则电离成酸性或碱性染色剂。如酸性染色剂，能够产生氢离子（H+)或其它阳离子(Na+),而其本身成为带负电荷的阴离子者。这类染色剂一般用于染细胞浆，如伊红Y，苦味酸，橘黄G等。碱性染色剂，能产生氢氧根离子（OH -)或其它负离子(如Cl-),而本身成为带正电荷的阳离子者。这类染色剂常用于染细胞核,如碱性品红等。1.酸性染色剂：色原——助色团——Na→[色原-助色团]+Na+。常用的如伊红，酸性品红，苦味酸，橘黄G，刚果红，水溶性苯胺蓝，淡绿等酸性染料常用以