1.染料的供应问题 常用的染料绝大多数是植物染料，即使是同一种植物，由于产地不同，气候条件不同及采集时间不同都会影响色素的组成和色泽，而这必然会导致染料的染色重复性差。况且从种植、收集、提取到应用都需要很长的时间，收率又低。有资料统计平均收集率约为2%，即98%的收集物为废料，因而带来天然染料纯度低、提取困难、性能不稳定、成本高、难支持现代化纺织工业生产使用等诸多问题。另外，许多天然染料都是中草药资源，具有很高的药用价值和经济价值，如果将它们大量用于染料的提取，也是不经济的。
2.染色中染料的色牢度问题
染色纺织品的生态标准和染料的染色牢度有紧密关系。尽管在天然染料染色中，使用媒染和某些后处理可提高染色牢度，但因为天然染料发色基团的固有的不稳定性，导致天然染料耐洗和耐光牢度不理想。另外，传统的媒染剂大多含有重金属离子，其中许多被列入生态纺织品所禁用的名单。有时染色中使用的媒染剂还会影响染料的褪色情况。例如﹕用洋葱染黄色时，使用明矾和锡媒染剂比使用铬、铁、铜媒染剂褪色更严重。
3.天然色素的稳定性问题
天然色素较人工合成色素的稳定性差，主要是天然色素受外界因素影响大。pH值使天然色素的结构或组成发生变化，从而使其颜色产生变化；光线(特别是紫外光线)会诱使带有生物活性的有机生物令天然色素分解或氧化而脱色；天然色素在低温或干燥状态时，性质一般较稳定，但加热或高温可加快变色反应，尤其在加热至沸点时易氧化褪色。
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