(l)惯用名称、系统命名和推荐名称

早期,酶的名称多数是由酶发现者根据酶所催化的底物、反应的类型或酶的来源命名一习惯名称。如催化淀粉水解的称为淀粉酶；催化底物分子水解的称水解酶；按酶来源的如胃蛋白酶…。缺乏系统的规则,不能说明酶促反应的本质,常会出现混乱。1961年国际生物化学和分子生物学学会（IUBMB）根据酶的分类为依据,提出系统命名法,规定每一个酶有一个系统名称(systematic name),它标明酶的所有底物和反应性质。各底物名称之间用“:”分开。如草酸氧化酶,因为有草酸和氧两个底物,应用:隔开,又因是氧化反应,所以其系统命名为:草酸:氧氧化酶；如有水作为底物,则水可以不写。有时底物名称太长,为了使用方便,国际酶学学会从每种酶的习惯名称中,选定一个简便和实用的作为推荐名称（recommended name)。可从手册和数据库中检索。

(2)酶的国际系统分类编号(EC number)

国际系统分类法按酶促反应类型,将酶分成六个大类:

1、氧化还原酶类(oxidoreductases) 催化底物进行氧化还原反应的酶类。包括电子或氢的转移以及分子氧参加的反应。常见的有脱氢酶、氧化酶、还原酶和过氧化物酶等。

2、转移酶类(transferases) 催化底物进行某些基团转移或交换的酶类,如甲基转移酶、氨基转移酶、转硫酶等。

3、水解酶类(hydrolases)催化底物进行水解反应的酶类。如淀粉酶、粮糖苷酶、蛋白酶等。

4、裂解酶类(lyases)或裂合酶类(synthases) 催化底物通过非水解途径移去一个基团形成双键或其逆反应的酶类,如脱水酶、脱羧酸酶、醛缩酶等。如果催化底物进行逆反应,使其中一底物失去双键,两底物间形成新的化学键,此时为裂合酶类。

5、异构酶类(isomerases)催化各种同分异构体、几何异构体或光学异构体间相互转换的酶类。

6、连接酶类（ligases）或合成酶类(synthetases)催化两分子底物连接成一个分子化合物的酶类。

上述六大类酶用EC(enzyme commission)加1.2.3.4.5.6编号表示,再按酶所催化的化学键和参加反应的基团,将酶大类再进一步分成亚类和亚-亚类,最后为该酶在这亚-亚类中的排序。如α淀粉酶的国际系统分类纩号为:EC3.2.1.1