遗传分析方法采用主基因+多基因混合遗传模型P1、P2、F1、B1、B2、F2群体6世代联合分析的方法，分别在A（1对主基因）、B（2对主基因）、C（多基因）、D（1对主基因+多基因）、E（2对主基因+多基因）等5类24种遗传模型下，对J381苏棉12、J415苏棉12两重复六世代的纤维品质进行分析，估算极大似然值和AIC值，通过AIC值判别和一组适合性检验，选择最适遗传模型，并估计出相应的主基因与多基因效应值、方差及有关遗传参数，主基因遗传率：h2mg=2mg/2p，多基因遗传率：h2pg=2pg/2p。
亲本的纤维品质表现从看出，除麦克隆值CV略大于10%外，长度和强度CV均在10%以下，因此可用于遗传分析。同时由于J381和J415的选育目标、过程和系谱完全一致，品质上均明显优于对照品种，属同档次，结果基本一致，可以将其研究看成是一亲本两重复研究，其遗传差异主要是重复间差异，本质上并无不同。
纤维品质性状的遗传对P1、P2、F1、B1、B2、F2群体6世代进行联合遗传分析，计算出各模型的遗传参数（）。结果两重复基本一致，纤维强度属2对主基因+多基因混合遗传模型，主基因遗传率较高；长度和麦克隆值属1对主基因+多基因混合遗传模型，长度总遗传率较高，但以多基因遗传率为主；麦克隆值则在重复间存在一定的差异。
纤维强度。结果表明，存在2对主基因，加性效应均为正值。且加性和显性效应值、显性度都很接近，主基因杂合时均为负显性效应。
世代间遗传率则以主基因遗传率为主，其中又以B1和F2的遗传率最高，主基因遗传率分别为69.47%45.63%和30.42%38.77%，而B2的遗传率较低，主基因遗传率仅为0.14%3.29%.
纤维长度。结果表明，主基因加性效应为正值，但远低于多基因的加性效应。多基因的显性效应为正值，因此多基因杂合时长度较好，但显性度不高，仅在0.17左右，因此提高长度的潜力有限。
由于主基因的遗传效应值远低于多基因，因此无论回交世代还是F2，主基因遗传率远低于多基因。F2多基因遗传率为34.34%32.98%；B1世代多基因遗传率也较高，但重复间有一定差异，为7.56%34.05%.
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