海藻酸钠的分子结构与淀粉和纤维素颇为相似，所不同的是在第5位碳原子上以羧基（—COOH）取代了羟甲基（—CH2OH）,而在2，3位碳原子上也同样具有仲醇基。正是由于其羧基的存在，加碱生成羧酸钠盐而具有水溶性和阴荷性，因此，虽然海藻酸钠分子中也含有仲醇基，但因其阴荷性羧基与阴荷性的活性染料相互排斥，使活性染料无法接近仲醇基与之键合，所以，海藻酸钠不会与活性染料反应，它是调制活性染料色浆的理想原糊。在活性染料印花中，其给色量高，印制精细花纹轮廓清晰，渗透性好，尤其是满地大花得色均匀，且由于其可溶于水，易于洗涤，印花手感柔软，印花时粘附于花筒及筛网的色浆易去除。
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