染色剂溶液的酸碱性是指染料溶液的pH值，例如醋酸洋红和龙胆紫溶液均为碱性染料，但它们的溶液却是酸性，而曙红为酸性染料但溶液是碱性，又如中性红是碱性染料而它的溶液呈中性。
染色剂溶液的酸碱性与试剂的成分、反应条件以及染料的溶解度等因素有关。如斐林试剂需要新配制的cu(OH)溶液，而双缩脲试剂需要碱性条件的Cu2与蛋白质的肽键反应形成紫色或紫红色的络合物。又如洋红的等电点是pH4．07～4．5，此时洋红的溶解度最小，只有在高于或低于它的等电点的溶液中才易溶解，醋酸洋红的溶液呈酸性，但它的显色基团的化学性质没有改变，其中的醋酸分子穿透组织的速度快，并能够凝固核蛋白，更有利于对染色体的染色。同样用2％的醋酸配制的l％龙胆紫溶液呈酸性，它对根尖分生区细胞内染色体的染色效果要好于l％龙胆紫水溶液。
由此可见染色剂的酸碱性不是指染色剂溶液的pH值，而是指染色剂对物质进行染色时与显色有关的主要基团是阳离子还是阴离子。
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