首先，大多数天然色素分子量小，和纤维之间范德华力很弱：其次，棉纤维带负电，天然色素在染液中电离也带负电，两者之间存在库伦斥力这就导致色素上染性很差，从而使得棉针织物出现染色深度差的问题，现阶段的主要解决办法有：媒染法、棉的阳离子改性等这些方法主要是对染料的吸附上染过程进行改善来提高染料的上染率，从而使染深性有一定提高。
2，2天然色素染色牢度低的问题
天然色素分子中含有大量的羟基，在碱性条件下，羟基易电离因此色素水溶性大大提高，使织物的色牢度较低如果运用化学手段将天然色素分子中的一些羟基封闭或使之发生交联，就可以提高织物的色牢度。
栀子黄对棉进行染色用树脂整理剂改性二羟甲基二羟基乙烯脲处理以后，干、湿摩擦牢度和皂洗牢度都有显著提高，但这种固色剂在使用过程中会释放出甲醛，不利 于环保周家伟用环氧固色剂EH对苏木色素染色棉织物进行固色处理后，棉织物色牢度得到大大提高环氧化合物在染整加工中常用作固色剂、交联剂等，其分子中含 有的环氧基不稳定，容易对羟基发生醚化反应，将染料中的酚羟基封闭，同时也与棉纤维上的羟基发生交联，从而使染料和纤维更紧密地结合，起到同色的作用。
2-3天然色素稳定性差的问题
天然色素较人工合成的色素稳定性差，主要是天然色素受外界因素影响大，如光、温度、pH值等因素的影响光线会诱导带有生物活性的有机物令天然色素分解或氧化而褪色：加热或高温会加快天然色素的变色；pH值会使天然色素的结构或组成发生变化，从而使其颜色发生变化。
改善天然色素稳定性差的措施通过分子辅色作用提高天然色素的稳定性：通过分子化学改性提高天然色素的稳定性：应用生物T程技术提高天然色素的稳定性等例 如，采用对氨基苯磺酸作为重氮组分对姜黄色素进行改性，改性后的色素比姜黄色素更具有应用性能，中国印花网也认同；对酸碱变化没有姜黄敏感，其化学稳定性和姜黄相比有了很大提高。
2，4天然色素色相单调的问题
天然色素色谱不全，解决色相单调的方法是采用多种不同色相的染料拼混或天然色素和媒染剂组合媒染剂可以丰富天然色素的色相，且可以加入两种或两种以上的媒 染剂但是天然色素的拼混还存在一些问题天然色素由于结构复杂，不同天然色素之间性质存在很大差异，这就使得天然色素的配伍性较差，这是今后需要研究解决的一个问题。
3结束语
目前，尽管天然色素存在诸多问题还不能完全取代合成染料，但天然色素无毒无害，对皮肤无过敏性和致癌性，具有良好的生物可降解性和环境相容性，其色泽自然 柔和有特色这些特点已深受人们的喜爱，随着人们环保意识的不断提高，人们对自身健康的日益重视和科学技术的不断发展，相信天然色素将会具有广阔的应用前景。
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