如何提高COD去除率是印染废水急待解决的关键难题之一。印染废水中还有一些有机物质，无论其对微生物有无抑制，是不能被微生物摄食的。在实际生产运行中，无论怎样多次生化，仍难以大量去除，净化出水的水质COD值仍然较高。
我国纺织专业技术人员在对江浙沪闽鲁粤等主要纺织地区调研过程中发现，目前国内大部分印染企业为提高COD去除率，通常采用增加絮凝和生化反应时间技术方法，即所谓“生化再生化”絮凝再絮，导致污水处理工程占地面积大，流程长，工程费用高，但处理效果仍难令人满意。在上海、山东、辽宁等地，一些企业把并联曝气池改为串联运行，生化处理效率有所提高，但污水净化程度的提高还是相当有限的。
高色度废水难以脱色
近些年来，国内外对染料、颜料类工业废水脱色方法进行了大量的技术研究，总结出许多行之有效的脱色技术方法，如絮凝法，吸附法，氯气和次氯酸钠法等。这些技术工艺针对性较强，对不同的废水都能取得一定效果。但是由于印染厂所产生的废水有疏水性、亲水性、阳离子、阴离子等各种类型染料，中间体品种多，类别复杂，其混合废水处理在技术上有相当难度和困难。加之国产染料上染率较低，印染生产加工企业一般均或多或少超量投加，染色过程剩余染料较多，不但造成对资源浪费，也导致其单位产品产污量比发达国家多近一倍，加剧了废水污染程度。
从行业调查的情况看，目前我国印染废水治理中普遍存在废水净化脱色困难问题。国内比较成熟的生物活性污泥池处理法、物理化学处理法和膜处理法技术等处理技术，都不同程度地存在着各种各样的问题，其脱色效率都不高。
以生物法为例，其原理是运用自然界细胞新陈代谢系统的生物化学反应来转化废水中染料，包括利用好氧菌系统脱色、以及利用厌氧菌系统对偶氮染料脱色等。但是微生物系统存在一系列缺陷，包括对环境因素的变化比较敏感、营养系统维持微生物的生长难以较长时间的控制等问题，此外厌氧菌系统还存在不能将染料充分矿物化的问题，而将好氧菌和厌氧菌系统结合起来的方法因存在一系列问题而难于实现工业化。凡此种种因素造成在实际生产中净化处理系统难以发挥有效的作用。
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